Da Wasserstoff keinen Kohlenstoff enthält, werden bei der Verbrennung weder Kohlenstoffmonoxid noch Kohlenwasserstoffe emittiert. Spuren von CO oder CO₂ können somit nur durch die Reaktion des Kohlenstoffdioxids aus der Luft beziehungsweise durch Verbrennung von Schmieröl auftreten. In Bezug auf die Klimawirkung muss dabei allerdings die Wasserstofferzeugung einbezogen werden, wie bei allen Wasserstoffantrieben. Stickstoffoxide können mit dem Luftstickstoff gebildet werden, sind jedoch durch die magere Verbrennung und niedrige Temperatur deutlich reduziert. Im unteren Lastbereich ist die NO_X-Entwicklung daher vernachlässigbar gering. Mit zunehmender Last und dabei zunehmenden Temperaturen steigen jedoch die Emissionswerte erheblich an, auch bedingt durch die Anfettung des Gemisches bei höherer Last. Zum Ausgleich kann ein Turbolader für eine ausreichende Luftmenge bei gleichzeitig magerem Gemisch sorgen. Eine Absenkung der NO_X-Werte kann auch mithilfe eines Ladeluftkühlers geschehen, weil die Reaktionstemperatur in der Brennkammer mit niedrigerer Ladelufttemperatur reduziert wird.